Escherichia coli genotiplerinin PFGE ile belirlenmesi

Abstract

Bu çalışmada, Trabzon ve Rize illerindeki tatlı sularda bulunan 7 farklı gökkuşağı alabalığı tesisinin giriş-çıkışındaki su ve sedimentten izole edilen 75 Escherichia coli izolatlarının eritromisin (ereA ve ereB geni) ve florfenikol (florR geni) dirençliliklerine göre genotipik yanının değişip değişmediği belirlenmiştir. Bu bağlamda genomik DNA'lar XbaI ve ApaI restriksiyon enzimleri ile kesilerek pulse field jel elektroforez (PFGE)'de yürütülmüştür. XbaI enzimi ile kesildikten sonra yapılan PFGE analizi sonucunda genomik DNA'larının benzerlik oranları %93 baz alındığında 4 temel kümede (X1-X4) gruplandırılmıştır. Bu sonuçlara göre tüm izolatlar arası benzerlik oranları %79.1 olup, TASWG 0411, TASSC 0811, TASSC 0211, SURWG 1010 ve AASG 0810 suşları diğer gruplardan ayrıldığında geri kalan suşların benzerlik oranları %85.1 olmaktadır. ApaI enzimi ile kesildikten sonra yapılan PFGE analizi sonucunda çalışılan suşlar 4 temel kümede (A1-A4) gruplandırılmıştır. A1 kümesi en büyük küme olup bünyesinde toplam suşların %51'ini barındırmaktadır. Antibiyotik direnç genlerine bakılan E. coli izolatlarının en fazla ereB'ye karşı direnç gösterdiği belirlenirken ereA, ereB ve florR geni varlıkları ile PFGE genotipi arasında bir ilişkiye rastlanmamıştır.