Nükleolitik senzim dizaynı ve nükleik asitlerle etkileşiminin incelenmesi

Abstract

Bu çalışmada yeni bir oksim ligandının homodinükleer bakır (Kİ), heterodinükleer bakır-mangan (K2) ve homotrinükleer bakır (K3) komplekslerinin nükleolitik özellikleri, nötral agaroz elektroforezi ve görünür bölge spektrofotometrisi yardımıyla araştırıldı. Her üç kompleksin de MMPP yokluğunda, ayrıca MMPP'nin de yalnız başına pCYTEXP plazmid DNA' sı üzerinde bir etki yapmadığı, dolayısıyla kompleks ve MMPP varlığında gözlenen aktivitenin komplekslerden kaynaklandığı sonucu ortaya çıkmaktadır. Özellikle 0.1 uM'dan daha düşük konsantrasyonlarda Kİ ve K2 süpersarmal DNA üzerinde kırıklar oluşturmuş, 0.1 uM ve daha yukansındaki konsantrasyonlarda ise doğrusal DNA formlarının baskın olduğu görülmüştür. K3 ise böyle bir nükleolitik aktiviteyi ancak 100 uM civarında sağlaması K3'ün diğer iki komplekse göre daha zayıf bir kimyasal nükleaz olabileceği sonucunu göstermektedir. Konsantrasyon bağımlı bu nükleolitik özellikler, komplekslerin etkin konsantrasyonlarında ve ilk 5 dakikalık reaksiyon sürelerinde süpersarmal DNA formunun tamamen kırık formuna dönüşmesi ve ilerleyen sürelerde bu form üzerinden doğrusal formun oluştuğunun gözlenmesi, her üç kompleksin de benzer mekanizmalarla etkinlik gösterdiğini ortaya koymaktadır. Komplekslerin nükleolitik etkinliklerinin pH bağımlılıkları incelendiğinde yine Kİ ve K2'nin oldukça benzer davranış gösterdikleri görülmüştür. K3 ise yine Kİ ve K2'den daha farklı bir pH bağımlı nükleolitik etkinlik göstermiştir. pCYTEXP DNA' sı üzerinde çalışılan komplekslerin nükleolitik etkinlikleri spektroskopi ile de tespit edilmiştir. Bu komplekslerin görünür bölge spektrumlanndaki bazı sinyallerde DNA ilavesi ile kaymaların olması ve absorbanstaki değişimler kompleksler ile DNA arasında bir interkalasyon ihtimalinin zayıf olduğunu göstermektedir. Sonuç olarak, cünükleer kompleksler (Kİ ve K2) oldukça benzer kimyasal yapılan da dikkate alınarak birbirine yakın ve muhtemelen benzer mekanizmalarla nükleolitik etkinlik gösterdikleri ortaya çıkmıştır. Daha çok bir fizibilite niteliğinde olmasma rağmen elde edilen sonuçların oksim esaslı DNA parçalayan moleküllerin ve antikanser maddelerin dizaynında yeni düşüncelerin ortaya çıkmasını sağlayacağı açıktır.