Amsacta moorei entomopoxvirus muhtemel glikozil transferaz geninin (AMV248) yapısal ve fonksiyonel analizi

Abstract

Amsacta moorei entomopoxvirus (AMEV), gen terapi, ifade vektörü ve biyopestisit olarak kullanılma potansiyeli olan önemli bir böcek virüsüdür. DNA dizi ve biyoinformatik analizler sonucu genomunda belirlenen amv248 kodlu ORF'nin muhtemel bir glikozil transferaz kodladığı önerilmiştir. Böylece amv248'in konak seçiciliğinde rol oynayan, virüs replikasyonunun için zorunlu bir yapısal protein kodladığı düşünülmektedir. Tez çalışmasında AMEV glikozil transferaz geninin yapısı ve virusün konağa tutunmasındaki rolünün aydınlatılması amaçlanmıştır. Bu amaç doğrultusunda amv248'in transkripsiyonunun AMEV enfeksiyonunu takiben 3 ila 6 saatler arasında başlayan ara gen sınıfına ait bir gen olduğu; 126 baz 5' ve 50-84 baz aralığında 3' translasyona uğramayan bölge içerdiği belirlenmiştir. AMV248 proteininin 3 boyutlu yapısı tahmin edilerek muhtemel konak bağlanma aminoasitleri belirlenmiş ve 30 kDa'luk rekombinant protein üretilip heparine bağlandığı gösterilmiştir. Proteine özgü antikor hizmet alımı ile ürettirilmiş ve bu antikor ile virüsün immün nötralizasyonu gösterilmiştir. Ayrıca virüsün hücre yüzey matriks bileşenlerinden heparine bağlandığı, enfeksiyonun çözülebilir glikozaminoglikanlar ile inhibe edilebildiği ve yüzey GAG'ları çıkarılan hücrelerin enfeksiyonunda azalma görüldüğü belirlenmiştir. Son olarak amv248 genini içermeyen rekombinant virüs üretilmiş ve kontrol virüs ile replikasyon, enfeksiyon özellikleri, protein profili ve yavru virüs üretimi bakımından fark gözlenmezken, gen ifade seviyesinde fark olduğu qPCR metodu ile belirlenmiştir. Sonuç olarak virüsün konak hücreye tutunma ve enfeksiyon başlama mekanizmasıyla ilgili önemli bulgular elde edilmiştir.