Bazı propolis fenoliklerinin HIV-1 revers transkriptaz ile moleküler interaksiyonu: moleküler docking (kenetlenme) çalışması

Abstract

HIV'in neden olduğu AIDS, dünya çapında yaygın olup insan bağışıklık sistemini baskılayarak, vücudu enfeksiyonlara karşı savunmasız bırakmaktadır. Standart antiretroviral ilaçlara karşı HIV-1 direnci görülme sıklığı artmakta ve şu anda kullanımda olanlardan daha az toksik ve ucuz ajanlara ihtiyaç duyulduğundan, doğal ürünler arasından yeni tedaviler aranmaktadır. Aranan bu tedaviler arasında, propolisin antiviral özelliği (Gekker vd., 2005) ve Revers transkriptaz inhibitörü olma özelliği ona olan ilgiyi arttırmaktadır. Bu yüzden, dünyada büyük bir sorun olan HIV-1'in tedavisinde propolis iyi bir aday olarak karşımıza çıkmaktadır. Bu çalışmada, tasarlanan ligandlar filtrelenerek ilaç olma özelliğine sahip olabilecek propolisin yapısında bulunan sekiz fenolik madde ligand olarak Autodock4 programı ile bir RT kristal yapısı olan 3qip.pdb yerleştirildi. Yerleştirme sonucunda CAPE (Caffeic acid phenetyl ester) ligandı -8,65 kcal/mol'lük skor ile RT enzimine en iyi bağlanan ligand olarak belirlendi. Diğer yedi ligandın da enzim için iyi yerleşme skorları verdiği gözlendi. Sonuç olarak HIV-1 revers transkriptaz için inhibitör adayı olan yeni ligandların tasarımı gerçekleştirildi. Daha önceki çalışmalarda etki mekanizması çoğunlukla virüsün hücre içine girişini bloke etmeye yönelik iken (Harish vd., 1997), bizim çalışma hedefimizin ise HIV-1 Revers transkriptaz enziminin inhibisyonuna yönelik olmasıdır. Dolayısı ile hedeflediğimiz yön itibariyle yenilikçi ve ümit vaat edicidir.