Chilo iridescent virüs 458R açık okuma zincirinin moleküler karakterizasyonu

Abstract

Chilo iridescent virüs (CIV), Iridoviridae familyasının Iridovirus cinsine ait biyokontrol ajanı olarak kullanım potansiyeline sahip bir böcek virüsüdür. Ayrıca, aşı geliştirme ve teröpatik ajan olarak kullanılabilme potansiyeline sahipir.. Virüsün bu alanlarda verimli şekilde kullanımı ise moleküler olarak aydınlatılması ile gerçekleştirilebilir. Bu tez kapsamında yapılan biyoinformatik analizler ve literatür araştırması sonucunda, CIV 458R geninin virüsün hücreye tutunma, hücreye giriş, viral replikasyon ve/veya viriyon inşası süreçlerinden biri ya da birkaçında görev yapıyor olabileceği düşünülmüştür. Genin fonksiyonel analizine yönelik planlanan çalışmalara temel oluşturması bakımından bu tezde ilk adım olarak 458R'nin transkripsiyonel analizi yapıldı, genin transkripsiyonu sonucu oluşan mRNA'nın translasyon olmayan uç bölgeleri belirlendi. Bu çalışmalar sonucunda, 458R'nin geç gen olduğu ve enfeksiyonu takiben 12 ila 24. saatler arasında transkripsiyonun başladığı belirlendi. mRNA'nın başlangıç kodonunun hemen yukarısındaki 53 nükleotidlik kısımın 5', stop kodonunun hemen aşağısındaki 40 nükleotidlik kısmın ise 3' translasyon olmayan bölgeleri oluşturduğu tespit edildi. Bu çalışmada, CIV enfeksiyonunda ve/veya yeni viriyon oluşumunda görevli olması muhtemel bir açık okuma zincirinin transkripsiyonel analizi yapılmıştır.