Invertebrate ırıdescent vırus 6 (IIv6) genlerinin transkripsiyonel analizi ve transaktivatör protein(ler)inin araştırılması

Abstract

Bu çalışmada, Invertebrate iridescent virus 6 (IIV6)'ya ait genlerin transkripsiyonel sınıflarının belirlenmesi, genlerin yukarı bölgelerinde muhtemel promotor görevi yapabilecek korunmuş bölgelerin tespit edilmesi ve en erken genlerin transkripsiyonunu başlatan protein(ler)in araştırılması amaçlanmıştır. Çalışmada ilk olarak, IIV6'nın şu ana kadar transkripsiyonel olarak sınıflandırılmamış 159 genin transkripsiyon sınıfları RT-PCR tekniği ile belirlendi. Bu genlerin 114 tanesinin en erken (IE), 23 tanesinin gecikmiş erken (DE) ve 22 tanesinin de geç (L) gen sınıfına ait oldukları belirlendi. İkinci olarak, IIV6'nın tüm genlerinin translasyon başlangıç noktalarından itibaren 200 nükleotit yukarı bölgeleri, promotor görevi yapabilecek korunmuş bölge bakımından MEME Suite veritabanı kullanılarak analiz edildiler. IE genler için TAAAATTGAA, DE genler için TTTTATGG, L genler için de TCAATTTT ve NNTTGT motifleri belirlendi. IE ve DE genler için bu motifler silindiğinde promotor aktivitelerinde önemli ölçüde azalma görülürken, L genlerde ise promotor aktivitesinde önemli derecede artış meydana geldi. Yönlendirilmiş mutagenez çalışmaları L genlerdeki NNTTGT motifinin genin transkripsiyonu üzerinde baskılayıcı görev yaptığını ve L gen promotoru olarak belirli bir motifin değil belirli uzunlukta bir bölgenin görev yapabileceğini gösterdi. Çalışmada son olarak, virüsün konak hücrede enfeksiyonu başlatabilmesi için gerekli olan yapısal protein(ler) araştırıldı. Araştırma southwestern, kotransfeksiyon, DNA afinite kromatografisi ve biyoinformatik analizler yapılarak gerçekleştirildi. Sonuçlar IIV6 IE gen transkripsiyonunun başlatılmasında tek bir proteinin değil muhtemel bir protein kompleksinin görev yaptığını gösterdi. Bu komplekste görevli muhtemel proteinlerden birinin, yaklaşık 13,5 kDa büyüklüğündeki güçlü DNA bağlanma domainine sahip olan 366R olduğu belirlendi.