Malacosoma neustria nükleopolihedrovirüs (ManeNPV-T2)'ün genom organizasyonu ve AC145 proteinlerinin oral enfektivite proteinleriyle etkileşimleri

Abstract

Bu çalışmada, Malacosoma neustria nükleopolihedrovirüs T2 (ManeNPV-T2) izolatının komple genom haritası çıkarıldı, genom organizasyonu belirlendi ve diğer bakülovirüs genomlarıyla karşılaştırıldı. Çalışmalar sonunda, ManeNPV-T2 genomunun, % 38.2 G + C'lik bir nükleotid dağılımıyla 130.202 bp büyüklüğünde, dairesel çift sarmallı bir DNA molekülü olduğu belirlendi. ManeNPV-T2'nin toplam genom dizisi NCBI GenBank'a, KY968317 erişim numarası ile kaydedildi. ManeNPV-T2, 38 kor genin aminoasit sekanslarının birleştirilmesi ile çizilen filogenetik ağaçta Grup II Alfabakülovirüslerin bulunduğu kısımda dallanma gösterdi. Genomun, kodlama kapasitesi 50 aminoasitin üstünde 131 ORF içerdiği ve bu ORF'lerden 104'ünün diğer Lepidopteran nükleopolihedrovirüslerle ortak olduğu tespit edildi. ManeNPV-T2'nin genomunda, bakülovirüslere özgü 14, Malacosoma NPV türlerine özgü 7 ve ManeNPV-T2'ye özgü 6 olmak üzere fonksiyonu belli olmayan toplam 27 ORF belirlendi. Buna ilave olarak, ManeNPV-T2 genomunda 52 tekrarlı, 11 adet homolog tekrar bölgesi (hrs) belirlendi. ManeNPV-T2 genomunda bro genlerinin (ORF93, 94) 2 adet olduğu tespit edildi. chaB (ORF 45, 46), nikotinamid ribozid kinaz 1 (ORF 94, 95) ve ac145 (ORF 12, 50) genlerinin çoklu kopyalar halinde olduğu gözlendi. ManeNPV-T2 AC145 proteininin, oral enfektiviteden sorumlu proteinlerin oluşturduğu komplekste rol alabileceği hipotezi maya iki-hibrid sistemi kullanılarak doğrulandı. Bu çalışmada, ManeNPV'nin ilk kez komple genom dizi analizi yapıldı. Virüse ait gen yapı ve genom organizasyonu detaylı çalışıldı. Bu bilgilerden hareketle yeni çalışmaların planlanması fırsatları da ortaya çıkarıldı.