Chilo iridescent virüs muhtemel apoptosis inhibitör genlerinin araştırılması ve fonksiyonel analizi

Abstract

Programlanmış hücre ölümü böcek hücrelerinin viral enfeksiyonlara karşı geliştirdiği başlıca savunma mekanizmalarından biridir. Virüslerin konak hücrede etkin bir enfeksiyon oluşturabilmesi, konak hücrelerin viral enfeksiyona karşı yanıt oluşturduğu apoptosis mekanizmasının baskılanabilmesiyle doğrudan ilişkilidir. Chilo iridescent virüs (CIV) genomunun analizi sonrasında üç ORF`nin baculovirus Cydia pomonella granülovirüs genomunda bulunan apoptosis inhibitör genlerine (iap) yüksek oranda homoloji gösterdiği belirlenmiştir. Bu ORF`ler 157L, 193R ve 332L sırasıyla 152, 208 ve 234 amino asitlik proteinleri kodlamaktadır. Bu proteinler Cydia pomonella granülovirüs IAP-3 proteiniyle homolojiye sahiptir. ORF 193R tarafından kodlanan proteinin amino ucunda baküloviral inhibitör motifi (BIR) ve karboksi ucunda da RING finger motifi belirlenmiştir. CIV genomu içerisinde belirlenen baküloviral inhibitör tekrar İridoviridae familyası içinde şu ana kadar tüm genom analizi tamamlanan 12 üye içerisinde ilk ve tek baküloviral inhibitör motifidir (BIR). RT-PCR analiziyle genin transkriptomik analizi, transkripsiyon başlama noktası ve 5`UTR bölgesi tespit edilmiştir. İnhibitörler varlığında gerçekleştirilen enfeksiyonlarla da genin transkripsiyon sınıfı belirlenmiştir. SPC-BM-36 ve Sf21 hücrelerinde baküloviral en erken promotor ie1 kontrolünde genin geçici ifadesi sağlanarak aktinomisin D ile teşvik edilen apoptosisin baskılanması üzerinde genin etkinliği belirlenmiştir. CIV`nin genetik viral 193R mutantı RNAi tekniği kullanılarak oluşturulduktan sonra gen aktivitesinin doğal enfeksiyondaki durumu tespit edilmiştir. Sonuç olarak, biyoinformatik analizler sonucunda apoptosis inhibitör geni olduğu düşünülen ORF 193R`nın ?en erken? gen grubunda ifade edildiği, transkripsiyonun enfeksiyon sonrası 0-36. saatler arasında gerçekleştiği, transkripsiyon başlangıç noktasının -18. pozisyonundaki adenin (A) bazı olduğu ve genin fonksiyonel bir apoptosis inhibitör proteini kodladığı belirlenmiştir.