Amsacta moori entomopoksvirüse ait AMV133 kodlu açık okuma zincirinin moleküler analizi

Abstract

Amsacta mori entomopoksvirüs (AmEPV) Poxviridae familyasına ait önemli bir böcek virüsüdür. AmEPV'nin tüm genom analizinin yapıldığı çalışmada AMV133 kodlu açık okuma zincirinin muhtemel bir lipaz kodladığı ileri sürülmüştür.Bu tez kapsamında yapılan biyoinformatik çalışmalar sonucunda AMV133 kodlu açık okuma zincirinin fonksiyonel bir lipaz olabilmesi için gerekli domainleri içerdiği görülmüştür. RT-PCR analiziyle genin transkriptomik analizi ve 5'-RACE analiziyle transkripsiyon başlama noktası (5'-UTR) belirlenmiştir. İnhibitörler varlığında gerçekleştirilen enfeksiyonlarla genin transkripsiyon sınıfı tespit edilmiştir. Genin muhtemel promotor bölgesi ikili lusiferaz deneyi ile belirlenmiştir. Ayrıca genin in vitro da virüs replikasyonu üzerine etkisi RNAi yöntemi ile tespit edilmiştir.Sonuç olarak, biyoinformatik analizlerle lipaz geni olduğu belirlenen AMV133 numaralı açık okuma zincirinin transkripsiyonunun enfeksiyondan sonra 6. saatte başladığı ve gecikmiş erken sınıfa ait bir gen olarak ifade edilen bir promotora sahip olduğu, transkripsiyonun translasyon başlangıç noktalarına göre -77. pozisyondaki A bazı olduğu tespit edilmiştir. Genin muhtemel promotorunun translasyon başlangıç noktasının yukarısındaki sıralardan -82. nükleotid ile -21. nükleotid arasında olduğu gösterilmiştir. RNAi yöntemi ile genin in vitro da virüsün replikasyonu için elzem olmadığı belirlenmiştir.