recN, flaA ve ftsY genlerine göre Anoxybacillus cinsinin moleküler analizi

Abstract

Bu çalısmada, farklı bölgelerden izole edilerek Anoxybacillus cinsi içerisine dahil edilmis olan 9 bakteri türünün recN, flaA ve ftsY genleri açısından moleküler analizi yapıldı. Anoxybacillus flavithermus, Anoxybacillus kestanbolensis, Anoxybacillus ayderensis, Anoxybacillus pushchinoensis, Anoxybacillus voinovskiensis, Anoxybacillus gonensis, Anoxybacillus contaminans, Anoxybacillus kamchatkensis ve Anoxybacillus amylolyticus bakterilerinin genomik DNA'sı uygun yöntemlerle izole edildi. recN, flaA ve ftsY genleri için dizayn edilen primerler kullanılarak, PCR yoluyla ilgili genler çogaltıldı. Elde edilen genlerin baz dizileri otomatik dizi analizatörleri aracılıgıyla ile (Macrogen, Güney Kore) belirlendi. Belirlenen diziler, BLAST (NCBI), ?BIOEDIT? (Thompson ve ark., 1997) ve `Clustal W Multiple Sequence Alignment' programları kullanılarak birbirleri ile ve Genbank'taki diger sıralarla karsılastırıldı. Yapılan karsılastırmalar sonucunda, recN genin Anoxybacillus cinsine ait üyelerin tanımlanmasında uygun bir gen olmadıgına karar verildi. flaA geninin Anoxybacillus cinsine özgü korunmus bölgeler tasıdıgı belirlendi. Buna göre flaA geninin, Anoxybacillus cinsinin üyelerinin tanımlanmasında tek basına kullanılmasının uygun olmadıgı, buna ragmen farklı genotipik yöntemlere ek olarak kullanabilecegi belirlendi. G + C içerigi açısından incelenen ftsY geninin ortalama % 1,4 farklılıkla tüm genomun G + C içerigini yansıttıgı belirlendi. Buna göre ftsY geninin, Anoxybacillus cinsi için organizmanın tüm genomunun sahip oldugu bilgiyi yansıtan bir gen olduguna karar verildi.